Program Magister (S2) Bahasa dan Sastra Arab (BSA) Fakultas Adab dan Ilmu Budaya UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta mulai dibuka pada tahun ajaran 2016/2017 berdasarkan SK Dirjen Pendis Kemenag RI No. 3543 Tahun 2016 dan SK Rektor UIN Sunan Kalijaga No.145.3 Tahun 2016. Dengan dua SK ini, Program Magister (S2)  Bahasa dan Sastra Arab (BSA) secara resmi diselenggarakan di Fakultas Adab dan Imu Budaya UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, sehingga tidak lagi dilaksanakan di Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Program Studi ini dirancang untuk menghasilkan lulusan S2 yang andal dan ahi dalam bidang  Bahasa dan Sastra Arab (BSA), sehingga lulusan siap untuk menjadi akademisi, peneliti dan tenaga pendidik (dosen) profesional. Keberadaan Program Studi ini sangat relevan dan prospektif bagi mahasiswa/i lulusan S1 dari Jurusan Bahasa dan Sastra Arab (BSA) dan Pendidikan Bahasa Arab (PBA) untuk pengembangan karir akademik, khazanah keilmuan dan skill dalam kedua bidang tersebut.